箱式图及散点图解释

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1、 Figure 1A: what is the meaning of the red and blue bars? 红的和蓝的表示什么意思？

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答复：Box plot是比较数据间的分布差异，中位数和散布大小的比较，目的是为了看芯片数据的均一性情况，具体原理或图示的意义详见下图示例： 即蓝色的区域为数据中心及上下四分位值，红色为异常点





2、 关于下面的散点图，

（1） y轴EXP（全称？请注明）代表实验组癌组织？X轴CON（全称？请

注明）代表对照组癌旁组织？


（2）

关于X（或Y）代表的到底是两个样本间的比较还是两个组之间的比

较？你们前次回答是组间比较。但你们的图片注释却是：“The values of X and Y axes in the Scatter-Plot are the normalized signal values of the samples (log2 scaled) or the averaged normalized signal values of groups of samples (log2 scaled).”



答复：关于散点图，详见如下示例：

Y轴：代表实验组，即癌组织组，用的是每个lncRNA在实验组各样品中标准值的平均值（即Group Exp-Normalized）;

X轴：代表对照组，即癌旁组织组，用的数据是每个lncRNA在对照组各样品中标准值的平均值（即Group Con-Normalized）

通过组间比较即用两组的平均标准值作图，可直观地看到差异大于2倍的lncRNA的数量多寡

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